Sobre a possibilidade que alguns denominam de transformação de empresário, já registrado na Junta Comercial, em microempreendedor individual, recomendamos o exame do artigo 93 e seguintes da Resolução CGSN nº 94/2011:
Seção II
Da opção pelo SIMEI
Art. 93. A opção pelo SIMEI: (Lei Complementar nº 123, de 2006, art. 18-A, caput e §§ 5º e 14)
I - será irretratável para todo o ano-calendário;
II - para a empresa já constituída, deverá ser realizada no mês de janeiro, até seu último dia útil, produzindo efeitos a partir do primeiro dia do ano-calendário da opção, em aplicativo disponibilizado no Portal do Simples Nacional, ressalvado o disposto no § 1º...
Então, é possível a opção pelo SIMEI no caso descrito, desde que atendidos os requisitos para enquadramento.
Naturalmente, não se trata de transformação empresarial, propriamente dita, mas apenas de opção por outra modalidade dentro do Simples Nacional, o que mantém inalterado o número da inscrição no CNPJ.