Os arquivos digitais relativos aos documentos fiscais, como, por exemplo, a NF-e e o CT-e, além de não se confundirem com as versões impressas que acompanhem as operações, devem ser organizados e guardados pela empresa pelos prazos legais.
A este respeito, conforme esclarecimentos da Fazenda Nacional:
A empresa é obrigada a guardar a NF-e pelo período previsto na legislação. Ela pode armazenar esses arquivos em banco de dados?
A NF-e é o arquivo XML assinado digitalmente agregado com a sua respectiva autorização de uso. Esses elementos é que devem ser armazenados, no mesmo formato que foram transmitidos e autorizados.
A manutenção das informações em banco de dados é decisão do contribuinte. Esses bancos de dados são importantes para as questões operacionais da empresa, mas não substituem a obrigação da guarda do XML da NF-e.