Dentre as hipóteses de extinção do patrimônio de afetação é possível sua "revogação em razão de denúncia da incorporação" (Lei nº 4.591/1964). Como requisito a lei prevê a restituição aos adquirentes das quantias por eles pagas.
Considerando que a empresa adote o rito de criação de filial para operar com a incorporação objeto da afetação, é necessário seguir o procedimento de extinção desse tipo de estabelecimento, via alteração de contrato social (ver Manual do Registro de Empresas), inclusive com registro da ata respectiva, observando-se ainda a burocracia cabível junto aos demais agentes envolvidos (Estado, Município etc.). O procedimento para a baixa do CNPJ é o que foi previsto na IN RFB nº 1.470/2014.
Na contabilidade o desfazimento dos negócios se refletirá analogamente à rescisão ou ao distrato, buscando-se eliminar os efeitos dos registros anteriores e a recomposição do estoque. Eventuais diferenças devedoras ou credoras deverão ser acomodadas na própria demonstração de resultado do estabelecimento.
Posteriormente será preciso liquidar as contas contábeis do projeto cujo patrimônio de afetação foi levado à extinção, além de absorver na matriz os saldos ativos e passivos, porventura, existentes.
No campo tributário os impostos e contribuições apurados, declarados e recolhidos são definitivos, "não gerando, em qualquer hipótese, direito à restituição ou à compensação com o que for apurado pela incorporadora" (Lei nº 10.931/2004). Ou seja, administrativamente a situação estaria consumada, permanecendo incomunicável o resultado do projeto com o da matriz.
Sobre o Regime Especial de Tributação (RET), visto que o modelo produz efeitos somente "enquanto perdurarem direitos de crédito ou obrigações do incorporador junto aos adquirentes dos imóveis que compõem a incorporação" (Lei nº 10.931/2004; IN RFB nº 1.435/2013), o registro da alteração contratual, que pressupõe a liquidação do ativo e do passivo da incorporação ora extinta, além da desincorporação e desafetação do patrimônio, é suficiente para que o RET em questão seja também extinto, pois a legislação envolvida não previu rito adicional.